Historia de la anexión
El Corregimiento de Nicoya, establecido en 1554 como unidad administrativa separada de la provincia de Nicaragua, fue incorporado en 1787 a la recién creada Intendencia de León de Nicaragua. A principios del siglo XIX, para elegir Diputados a las Cortes españolas, Nicoya fue unida electoralmente a Costa Rica. En 1812 las Cortes de Cádiz crearon la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, que en 1820 quedó dividida en siete partidos: Costa Rica, El Realejo, Granada, León, Nicaragua (Rivas), Nicoya y Nueva Segovia. La Provincia estaba regida por un Jefe Político Superior y una Diputación Provincial con residencia en León y en cada uno de los otros seis partidos había un Jefe Político Subalterno. En 1821, al producirse la independencia, el Jefe Político Subalterno del partido de Costa Rica era Juan Manuel de Cañas-Trujillo y el del Partido de Nicoya era Pedro Sobenes.
La Provincia de Nicaragua y Costa Rica se separó de España el 11 de octubre de 1821, pero pronto se fragmentó, ya que tanto Granada como Costa Rica establecieron gobiernos separados del de León. Durante un tiempo, Nicoya estuvo adherida a Granada, pero en 1823 volvió a reconocer la autoridad de León.
En esa época en el Partido de Nicoya había tres poblaciones: Nicoya, pueblo de indígenas, que era la cabecera, y los pueblos de Santa Cruz y Guanacaste (Liberia), donde vivían españoles y mestizos.
Por su situación geográfica, Nicoya y Santa Cruz tenían fuerte vínculos económicos con Costa Rica y el naciente puerto de Puntarenas; en cambio Guanacaste (Liberia) tenía fuertes lazos con Nicaragua (Rivas) (La región al oeste del río Tempisque, donde se encontraban los pueblos de Bagaces y Cañas, había pertenecido a Costa Rica desde el siglo XVI y nunca formó parte del Partido de Nicoya).
A principios de julio de 1824, mientras Nicaragua estaba sumida en una guerra civil cuyos efectos no llegaron a Nicoya, los tres pueblos del Partido declinaron una invitación que les formuló el gobierno de Costa Rica para unirse a ese Estado. Sin embargo, Nicoya y Santa Cruz cambiaron de opinión, y el 25 de julio de 1824 decidieron anexarse a Costa Rica, según se consignó en el acta del ayuntamiento de Nicoya suscrita en esa fecha por el Jefe Político Subalterno Manuel Briceño y numerosos vecinos.
En 1826, una ley del Congreso Federal Centroamericano dispuso también que quedase agregada a Costa Rica la población de Guanacaste (hoy Liberia), que en 1824 había optado por seguir perteneciendo a Nicaragua. La importancia del pueblo de Guanacaste fue creciendo; desplazó gradualmente a Nicoya como principal población del antiguo partido y en 1831 recibió el título de villa.
En 1835 el territorio del antiguo Partido de Nicoya fue organizado como Departamento del Guanacaste por las autoridades costarricenses, con el agregado de la villa de Bagaces, el pueblo de Cañas y la región aledaña a estas dos poblaciones. La villa de Guanacaste (Liberia) fue erigida en ciudad en 1836.
En 1848 se le dio al territorio la categoría de Provincia con cuatro cantones: el de Guanacaste, el de Nicoya, el de Santa Cruz, y el de Bagaces y Cañas. Actualmente la provincia tiene 11 cantones.